Ferner zeigt sich im Innern des Unteren Tores, dass dieses jedenfalls nach seinem Wiederaufbau nach 1468 (vielleicht auch schon früher) auch gegen Süden, d. h. in Richtung Rheinstraße, Fenster hatte. Zwischen dem ersten und dem zweiten Obergeschoß und im dritten Obergeschoß lässt sich je eine Fensternische feststellen; im dritten Obergeschoß ferner eine hohe, schmale, fast kaminartige Nische, die jedoch ebenfalls einen schmalen Fensterschlitz beinhaltet haben könnte. Die Anordnung dieser Fenster Richtung Süden, jedoch, nahe der inneren Ecke des Unteren Tores zeigt, dass die anschließende Bebauung des 15. Jahrhunderts die südliche Seitenfassade des Unteren Tores mindestens zum Teil frei ließ und jedenfalls erheblich niedriger war als heute. Die Seitenfassade nach Norden zeigt einen die ursprüngliche Dachschräge begleitenden spätgotischen Bogen-Konsolenfries. Aus dieser für die Baugeschichte des Unteren Tores sehr aufschlussreichen Einzelheit geht hervor, dass die Dachneigung des Unteren Tores im 15. Jahrhundert steiler als die heutige und außerdem das Tor um ein Geschoß niedriger war als heute: die Dachtraufe des 15. Jahrhunderts befand sich auf der Höhe der heutigen Uhrzifferblätter. Dem unbefangenen Betrachter fällt auch in den Außenansichten des Unteren Tores auf, dass die Fenster des obersten Geschosses andere Formen aufweisen als in den übrigen Geschossen.
Die zweite Hälfte des 15. Jahrhunderts erweist sich in der Stadtgeschichte als eine ausgesprochene Blütezeit, dies war sicherlich auch ein Grund dafür, dass der Wiederaufbau des Unteren Tores rasch vor sich ging. Jedenfalls waren zehn Jahre nach dem Waldshuter Krieg die Schäden nicht nur behoben, sondern die Stadt konnte Erzherzog Sigismund sogar noch 3480 Gulden vorstrecken.
Diese Blütezeit wurde jedoch jäh unterbrochen durch ein auch für die Baugeschichte des Unteren Tores wohl einschneidendes Ereignis: den 1495 erfolgten schwersten Stadtbrand in der Geschichte unserer Stadt, bei dem 182 Häuser abbrannten und der am Unteren Tor sicherlich nicht spurlos vorübergegangen ist. Man glaubt jedenfalls gerade im Bereich der Giebel des 15. Jahrhunderts noch Brandspuren zu erkennen. Inwieweit das hölzerne Innenleben des Torturmes damals zu Schaden kam, lässt sich nicht mehr erkennen, doch gehen die gewaltigen Eichenbalken zwischen allen Turmgeschossen (mit Ausnahme des obersten Geschosses und des Dachstuhles) aufgrund ihrer Art und Behauung mit Sicherheit in das 15. Jahrhundert zurück. - So scheint nach etwaigen Schäden 1495 der Torturm in der alten Form, jedenfalls ohne äußere architektonische Veränderungen, wiederhergestellt worden zu sein. - Hier sei auch darauf hingewiesen, dass das Untere Tor in Norden gerichteten Giebel des 15, Jahrhunderts zwei kleine, schmale Rechteckfenster aufwies (das westliche davon ist heute zugemauert).